12 Aralık 1928 tarihinde Kuzeybatı Kırgızistan’daki Talas eyaletinin Şeker köyünde dünyaya gelmiştir. Babası Törekul Aytmatov, Sovyet Kırgızistan’ında seçkin devlet adamıymış, ancak 1937’de tutuklanmış ve 1938’de kurşuna dizilmiştir. Tatar kızı olan annesi Nagima Hamziyevna Abdulvaliyeva ise tiyatro aktristi olarak bilinmektedir. Köyünden, Kazakistan’a giderek Cambul Veterinerlik Teknik Okulu’nda okumuştur. Daha sonraları şu an Kırgızistan’ın başkenti olan Bişkek’e giderek burada Frunze Tarım Enstitüsü’nde öğrenimine devam etmiştir. Ardından Maksim Gorki Edebiyat Enstitüsü’ne geçmiş ve 1956 ile 1958 yılları arasında Moskova’da okumuştur. Yazmaya bu yıllarda Pravda gazetesinde başlamıştır. Yazdığı eserleriyle üne kavuşmuş ve 1957 yılında Sovyet Yazarlar Birliği’ne üye kabul edilmiştir. 1963’te Lenin Ödülü’nü almıştır. Eserleri yüz elliyi aşkın dile tercüme edilmiştir. 1990-1994 yıllarında Sovyetler Birliğini ve Rusya’yı, sonra ise 2008 yılına kadar Kırgızistan’ı büyükelçi olarak temsil etmiştir. II. Dünya Savaşı sonrası yazarları arasında yer alan Aytmatov, Cemile’den önce birkaç kısa hikâye ve Yüzyüze’yi yazdı. Ancak yazarın kendini kanıtlamasını sağlayan kitap Cemile olmuştur. Louis Aragon Cemile’yi “dünyanın en güzel aşk hikâyesi” olarak tanımlamıştır. Eserlerinde mitolojiye oldukça yakın durmuş fakat onunki antik anlamından farklı olarak mitolojiyi çağdaş bir zeminde sentezlemek ve yeniden yaratmak olmuştur. Eserlerinde mitlere, efsanelere ve halk hikâyelerine oldukça göndermeler yapmıştır. Cengiz Aytmatov, Gün Olur Asra Bedel romanının film çekimleri için gittiği Rusya’nın Tataristan Cumhuriyeti’nin başkenti Kazan’da 16 Mayıs 2008 rahatsızlanmış ve böbrek yetmezliği teşhisiyle tedavi için Almanya’ya getirilmiştir. Almanya’nın Nürnberg kentindeki Klinikum Nord’da tedavi gören Cengiz Aytmatov, komaya girmiştir ve 10 Haziran 2008 tarihinde Nürnberg’de hayatını yitirmiştir.